Les coronavirus

Les Coronavirus ^[1]

Généralités

Ils font partie de la famille des coronaviridae.

Ce sont des virus enveloppés dont l’acide nucléique est un ARN simple brin. Ils doivent leur nom à la présence sur leur pourtour de protubérances leur donnant un aspect en « couronne » au microscope électronique.

Pouvoir pathogène

Un certain nombre d’entre eux infectent directement l’homme (coronavirus humains) et sont retrouvés dans des infections respiratoires en pédiatrie sans qu’on puisse les rendre formellement responsable de la maladie, sauf peut-être à donner des rhumes anodins.

D’autres coronavirus se trouvent au niveau des voies respiratoires des mammifères et des oiseaux et infectent l’homme secondairement.

Trois coronavirus ont donné, et donnent encore, des épidémies inquiétantes pour les populations et les biologistes qui suivent à la trace leur évolution.

1°) SRAS : syndrome respiratoire aigu sévère.

La maladie est due au coronavirus SRAS-Cov.

Le tableau clinique est celui d’une pneumopathie atypique avec une fièvre supérieure à 38°C apparaissant brutalement, associée à des signes d’atteinte respiratoire basse (toux,  dyspnée, gêne respiratoire, etc.) survenant chez une personne en provenance d’un pays ou d’une zone où une transmission active du SARS-CoV a été décrite.

• Une seule épidémie a été décrite à ce jour.

L’épidémie a démarrée mi-novembre 2002 avec 300 malades présentant des pneumonies atypiques à Guangdong en Chine. La Chine a censuré l’information de ces premiers cas de telle sorte que l’OMS n’a fait une déclaration officielle que le 12 mars 2003. Après l’officialisation, la réaction du pouvoir chinois a été exemplaire avec le limogeage du maire de Pékin puis du ministre de la santé. L’épidémie s’est terminée en juin 2003, 30 pays ont été touchés, 8 500 patients infectés et on a dénombré 774 morts. 

C’est un médecin contaminé de Guangdong qui s’est rendu rend à Hong-kong où il a séjourné dans un hôtel 4 étoiles. D’autres pensionnaires ont regagné leurs domiciles emmenant avec eux le virus sur des vols réguliers. Le virus s’est rapidement propagé au niveau mondial à la faveur des transports aériens, les flambées les plus importantes s’étant concentrées dans les plaques tournantes aéroportuaires ou dans des zones à fortes densités de population. Le SRAS s’est vite avéré être transmis d’homme à homme par l’air, probablement par des gouttelettes de salive contaminées. La transmission par gouttelettes de salive (toux) se fait aussi pendant la période d’incubation qui peut durer de 2 à 6 jours

La flambée a été soudaine et la disparition rapide sans réapparition depuis 18 ans. On pense que le virus circule encore chez les animaux mais il n’est plus détectable chez l’homme.

• Origine du virus et son adaptation à l’homme

C’est quelques années plus tard et après séquençage des différents SRAS-Cov qu’on a pu mettre en évidence que le réservoir initial du virus est un chiroptère rhinolophe (chauve-souris). Le virus est ensuite passé chez un hôte intermédiaire, la civette, où il s’est adapté rapidement à l’homme. La civette n’est pas un hôte habituel du coronavirus. Il y a donc eu une double transgression : « rhinolophe-civette » et « civette-homme ». Sur le marché Guangdong les civettes et les rhinolophes étaient enfermées dans les mêmes cages, les 2 espèces étant comestibles. La civette palmiste (chat musqué) est servie dans les restaurants de Hong-Kong .

C’est la présence simultanée sur le marché de Guangdong du réservoir (chauve-souris), de l’hôte intermédiaire (civette) et de l’hôte définitif (homme) qui a provoqué le début de l’épidémie.

Les souches retrouvées chez la civette étaient identiques à celles des premiers cas humains chinois. Puis, les souches de la première phase de dispersion (Vietnam) portaient des délétions (19 nucléotides) dans les gènes Orf8 codant pour une protéine de fixation au poumon, quant aux souches qui se sont répandues après dans le monde entier, elles portaient des délétions encore plus importantes (82 nucléotides) leur permettant de s’adapter à l’homme : on dit que les souches s’étaient humanisées. Processus extrêmement rapide dans le cas du SRAS, ce type d’adaptation prend généralement 10 ans à se réaliser.

Pour une fois les pays pauvres sont restés à l’écart faute de transports aériens…

2°) Coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-Cov ^[2])

Middle East respiratory syndrome coronavirus

Il donne une insuffisance rénale aiguë et une pneumonie sévère. La période d’incubation est de 5 à 15 jours

• L’épidémie

Le premier cas humain était un homme originaire du Qatar mort à Jeddah (Arabie saoudite) en juillet 2012, tombé malade après un voyage en Arabie saoudite.

Le virus est très pathogène. L’épidémie a duré de Juin 2012 au 31 mai 2015 : 1219 cas/449 décès. Ella sévit en Arabie saoudite, Emirats Arabes Unis mais aussi en Europe (2 cas en France), USA, Asie mais les malades étaient toujours passés dans un de ces pays.

Entre 2012 et 2018 on a dénombré 2300 cas de MERS et comptabilisés 35 % de morts.

• Origine du virus et son adaptation à l’homme

Des études ultérieures ont montré que le réservoir naturel est une chauve-souris Pipistrellus pipistrellus. Le virus s’est ensuite adapté à un hôte intermédiaire qui est le dromadaire puis il est passé chez l’homme par la consommation de lait cru (ou viande mal cuite, ou urine). Le processu est tout à fait équivalent à celui du SRAS-Cov. La transmission interhumaine (famille, soignants) a été clairement démontrée mais elle se fait surtout au sein des hôpitaux : les cas décrits montrent le passage du virus du patient au personnel soignant. Le pronostic est mauvais lorsqu’il y a une morbidité concomitante (diabète, insuffisance rénale, infection pulmonaire chronique, immunodépression). Le taux de létalité estimé est de 30% environ.

3°) Le coronavirus de WUHAN

Les symptômes principaux sont la fièvre et des signes respiratoires de type, toux, sensation d’oppression et/ou douleur thoracique, avec parfois dyspnée (essoufflement). La durée de l’incubation se situe entre 7 jours à 14 jours. Les cas les plus graves se sont produits chez des personnes affaiblies présentant des comorbidités.

• L’épidémie

Une épidémie de pneumonies a émergé dans la ville de Wuhan (province de Hubei, Chine) en décembre 2019. Le 7 janvier 2020, la découverte d’un nouveau coronavirus, 2019-nCoV, différent des virus SARS-CoV, et MERS-CoV, a été annoncée officiellement par les autorités sanitaires chinoises et l’Organisation mondiale de la santé (OMS).

Au 23 janvier 2020, 614 cas confirmés d’infection par le 2019-nCoV, 17 décès à Wuhan, 25 provinces de Chine continentale dont Hong-Kong et Macao déclarent des cas, 5 autres pays ont confirmé un ou plusieurs cas importés : Thaïlande, Japon, République de Corée, États-Unis, Taïwan.

Pour essayer d’enrayer l’épidémie, les autorités chinoises ont mis en quarantaine 3 villes dont  Wuhan en interdisant la sortie des habitants de la ville. Les festivités du nouvel an Chinois ont été supprimées à Pékin et même la cité interdite est fermée !

• Origine du virus

La majorité des cas initialement décrits concernait des personnes ayant fréquenté le marché Huanan à Wuhan dans lequel des animaux sauvages vivants y étaient vendus en tout illégalité comme des rats, des crocodiles, des salamandres et autres serpents.

L’hypothèse d’une zoonose (maladie transmise par les animaux) est donc privilégiée. Le risque de transmission interhumaine, initialement considéré comme nul ou faible est désormais établi en raison de la survenue de pneumonies dues à ce virus chez des personnels soignants chinois s’étant occupés des premiers patients malades.

Quel est l’animal réservoir ? Il y a-t-il un hôte secondaire (parmi ceux qui étaient vendus illégalement vivant sur le marché) ? Comment s’est effectué le passage à l’homme ? Le virus persiste-t-il dans l’environnement ?

Autant de questions que l’Institut Pasteur ^[3] et de nombreux autres organismes de recherche se posent maintenant.

Conclusion

Les coronavirus sont inquiétants dans ce sens où ils sont capables d’évoluer très rapidement de leur site réservoir à l’homme avec les passages chez un mammifère comme la civette ou le chameau pour le SRAS-Cov et le MERS-Cov. Nous attendons donc avec impatience l’évolution du 2019-nCoV.

Néanmoins, gardons bien à l’esprit que la grippe fait encore entre 290 000 et 650 000 morts par an dans le monde alors qu’il y a un vaccin, et que, pire encore, le nombre de cas de rougeole ont été multipliés par 3 aux USA entre 2018 et 2019 et c’est la première fois depuis 1922 que le nombre de cas est aussi élevé alors qu’un vaccin très efficace existe depuis 1963.

Ce sont bien entendu les « antivaccins ^[4] » qui sont responsables de cette remontée spectaculaire et aussi inquiétante que l’extension des coronavirus !